Первое что почистим "%windir%/temp/" оттуда можно удалять все. Также все удаляем из папок "%systemdrive%/Documents and Settings/%user%/Local Settings/Temp/" и из "%systemdrive%/Documents and Settings/%user%/Local Settings/Temporary Internet Files/". Возможно после этих действий папка Windows "полегчает" на 1-2 гигабайта, а папка "Documents and Settings" и вовсе до 20 Гб полегчать может.

Теперь возьмемся за запасы, которые которые делает Windows Update. В папке Windows найдутся папки вида "*$" и "*$". В этих папках находятся файлы, которые необходимы для корректного удаления установленных обновлений. Если удаление не требуется (что обычно и бывает), то их можно просто удалить. После удаления зайдем в "Установка и удаление программ", ставим галку показывать обновления, и удаляем все обновления Windows (для чистоты).
ВНИМАНИЕ! Папку "$" удалять нельзя! Она используется для установки новых обновлений.

Идем в папку "%windir%\Installer$PatchCache$\Managed\" и вычищаем всё ее содержимое. В этой папке хранятся базовые версии файлов, которые изменяются при обновлении ПО с помощью msp-патчей и используются они для того, чтобы не просить дистрибутив при каждом обновлении. Если установщик этих файлов не найдет, то попросит вставить диск или указать путь, откуда была установлена программа.

Теперь займемся настройкой папки "%windir%\SoftwareDistribution\". В этой папке сохраняются все загруженные обновления с Windows Update. После долгого пользования системой эта папка становится довольно больших размеров. Очищаем в ней папку Downloads.Папка Windows очищена еще на 500-2000 Мб.

После установки Service Pack-ов появляется папка  "%windir%\ServicePackFiles", в которой хранятся обновленные версии файлов.  Эту папку можно удалить, но, желательно, конечно иметь дистрибутив, на тот случай если в систему что-то проникнет и заменит критические файлы Windows. На этот случай, собственно, и существует папка объемом в 500 Мб. При желании эту папку можно перенести на другой диск, чтобы служба не «потеряла» их, надо в реестре изменить несколько параметров. Запускаем редактор реестра и идем в сторону «HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Setup», по этому пути правим параметры «ServicePackCachePath» и «ServicePackSourcePath».

Далее для оптимизации системы чистим папку Prefetch, что находится в папке Windows. В папке prefetch ( .pf расширение) содержится информация о часто открываемых программах и сервисах, для более быстрой их последующей загрузки. Из неё можно, и более того, нужно периодически, всё удалить, система будет грузиться быстрее, а программы (в первый раз) медленнее. Потом снова образуются файлы, поэтому папку берем "на карандаш" и периодически чистим.

И снова из оптимизации: важно иногда чистить папку C:\WINDOWS\system32\spool\PRINTERS! Немало "приятных" моментов владельцам принтеров (особенно НР) создаёт эта папочка. Вообще в ней хранятся данные очереди печати. Нередко бывает при сбое, что мы в "диспетчере печати" подчищаем "зависшие" документы и успокаиваемся на этом. Однако если папка осталась не пустая, и система видит это, она вызывает spoolsv.exe и он начинает пожирать 99% памяти. Будучи "убит" через диспетчер задач, этот процесс через некоторое время опять запускается системой и продолжает отравлять жизнь. Подобная симптоматика свойственна также некоторым вирусам, маскирующим свою деятельность под spoolsv.exe, но чаще всего бывает достаточно просто опустошить указанную папку!

Заходим в папку Windows/System32/dllcache/ Только файлы удалять нужно командами
Пуск - Выполнить - sfc /cachesize=0
далее sfc /purgecache
Ну и ручным способом после команд тоже конечно.

Напоследок можно почистить папку System Volume Information, но учтите, это есть ваши точки восстановления.

Если руками все это делать "лениво" тогда на помощь придут чистящие программы типа CCleaner, но учтите, злоупотребление чистильщиками может привести к внеплановой переустановке Windows.
Если все-таки был удален какой-либо системный файл, но ОС загружается иногда может спасти дело команда sfc /scannow, и вставленный в DVD-Rom дистрибутив Windows.